教育部碩士研究生推免高校、國家級大學生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)實踐基地、國家級大學生校外實踐教育基地、教育部臨床醫(yī)學“5+3”改革試點高校、安徽省高校綜合改革首批試點單位、安徽省院士工作站和博士后崗位設(shè)置單位，是暨南大學、陸軍軍醫(yī)大學博士研究生聯(lián)合培養(yǎng)單位。
學校創(chuàng)建于1958年7月，由原上海第二醫(yī)學院分遷和安徽醫(yī)學院援建而成，1968年改稱蚌埠反修醫(yī)學院，1970年9月，與安徽醫(yī)學院合并，改名為安徽醫(yī)學院蚌埠分院，1974年6月，恢復(fù)稱蚌埠醫(yī)學院。