經過幾代人的辛勤耕耘，學校由外語類單科性學校發展成為學科門類齊全、師資力量雄厚、教學設施齊備、辦學形式多樣、教學質量優良、特色鮮明的全國重點大學。中國農科院甜菜研究所和黑龍江水利專科學校分別于2003年和2004年并入黑龍江大學。
黑龍江大學設置的學科涵蓋文、史、哲、經、法、教、理、工、農、管10個學科門類的本科專業80個，開展的主要學科有：法學、英語、中文、歷史、化學、電子、哲學和生物工程等，還設置了全國獨一無二的滿語專業。
黑龍江大學的傳統強項主要集中在語言學、哲學、法學等人文社會科學類專業，其中外語學科在2009年教育部學科排名中位列全國第6位。外語學科中尤以俄語學科最為引人矚目，幾十年來一直位列全國第一位；在理工學科方面，黑龍江大學的理學研究在黑龍江省具有重要地位，是黑龍江省理學人才培養基地。另外尤其突出的是，黑龍江大學的化學學科在2012年進入到ESI全球排名前1%，具有雄厚的科研實力；電子工程、計算機科學技術等專業在全國有一定影響力；檔案學與情報管理學科在全國位列上游。